Museerne i Fredericia har, foruden den permanente udstilling på Bymuseet, skiftende særudstillinger i løbet af året. Disse særudstillinger afholdes i Bunkermuseet, Krudtmagasinet, Krudttårnet og Kongens Portvagt, og annonceres særskilt i dagspressen.
Museerne i Fredericia fører desuden tilsyn med Mosaisk Begravelsesplads, hvor der i en lille kapelbygning afholdes en relevant udstilling i sommerperioden.